Um ano depois da Proclamação da República, o Ministro e Secretário de Estado dos Negócios da Justiça, Campos Salles, elaborou o Decreto nº 848, de 11 de novembro de 1890. O texto, editado pelo Marechal Manoel Deodoro da Fonseca, marca a criação da Justiça Federal, inicialmente composta pelo Supremo Tribunal Federal e por Juízes de Seção. Cada estado – e o Distrito Federal – formava uma Seção Judiciária, com um Juiz Federal e um Juiz Substituto.

Marco legislativo inicial da história da Justiça Federal brasileira regulamentou a sua organização e funcionamento antes mesmo da primeira Constituição republicana, pois sua criação era considerada pressuposto necessário para a consolidação da soberania nacional. A Justiça Federal foi organizada, constituindo-se uma Seção Judiciária para cada Estado, bem como para o Distrito Federal, com sede na respectiva capital, tendo à frente um Juiz Seccional, auxiliado por um Juiz Substituto.

Na Era Vargas, a Constituição de 1937, do chamado “Estado Novo”, extinguiu a Justiça Federal, regulamentada através do Decreto-lei nº 6, de 16 de novembro de 1937. Com o fim da ditadura getulista e a redemocratização do país, a Constituição de 1946 criou a segunda instância da Justiça Federal: o Tribunal Federal de Recursos (TFR), inaugurado em 1947 no Rio de Janeiro. Somente durante o regime militar foi que a Justiça Federal brasileira voltou a existir, através da implantação do Ato Institucional nº 2, de 27 de outubro de 1965.